1872年三月馬偕博士前來台灣北部傳教，九月底即進入雞籠開始巡迴佈道；1873、1875年又來數次；高振長老協助馬偕博士對雞籠教會的設立貢獻良多。
1875年6月27日本會在現址義一路參議巷內開始了禮拜活動。1914年遷往信一路，教堂卻因都市建設而被拆除；復遷往仁三路32號現址。禮拜堂興建時租用孝三路、忠二路一帶民房，前後達七年之久。經林清廉牧師苦心策劃、奔走籌款，復蒙主感召加拿大一女信徒捐獻鉅款，禮拜堂於1920年得以順利完成。林清廉牧師於1919年就任本會首任牧師，1924年聘張清波牧師為本會第二任牧師，1928年聘葉金木牧師為本會第三任牧師。
1929年因都市計畫，仁三路部份宿舍被拆除，幸經簡阿川執事等之奔走，始得完成二樓之牧師館。1938年鄭君芳牧師就任傳道師。1940年設立愛育幼稚園。1945年二次世界大戰時，本會被盟軍炸毀殆盡，蒙偕叡廉牧師由加拿大募款美金七百元援助外，復利用零散之建材修復原狀。光復之初，建築材料缺乏，未能及時加以重建，又數度遭遇颱風和地震侵襲，牆壁呈現龜裂，岌岌可危。幸於1949年本會前遭美機炸毀之禮拜堂及牧師館修建完竣。
本會於1946年協助市府修建救濟院，1947年開設「國語禮拜堂」部門，1948年鄭君芳牧師就任第四任牧師，1949年協助設立韓僑教會，同年分設安樂教會，1951年協助修復暖暖教會，1954年分設正濱教會，1955年分設深澳教會及東明教會，1958年分設七堵教會，1961年協助分設庚子寮佈道所，1963年分設安瀾橋教會。期間上帝也興起許多信仰的前輩，如：葉心東、賴葉、王平安、簡杖梨、許煙、林天護，張啟明…等長老，同心協力興旺教會，成為歷代信徒的榜樣。
1964年開始募捐擬分三期工程完成建堂，1969年第一期工程（二樓牧師館）竣工。1971年穆榮章牧師就任副牧，並派駐安瀾橋教會；1975年聘謝皆明牧師為副牧。1976年第二期工程（四樓教育館）竣工，1979年拆除舊建及第一期重建工程，並重劃建築圖樣，1980年蔡文增牧師就任第五任牧師。1981年底重建教堂決標，十二月二十五日破土，1982年一月五日開工，1984年元月十五日舉行獻堂感恩禮拜。 1986年林文良牧師就任傳道師，1989年鄂主成牧師就任第六任牧師，1991年林正雄牧師就任第七任牧師，1995年柯從心牧師就任第八任牧師至今，牧養主羊，同頌主恩，願一切榮耀歸主。